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Réponse simple :

Les taupes sont des petits rongeurs qui creusent et vivent dans des galeries souterraines. Elles possèdent des yeux minuscules cachés sous leur fourrure et tout juste capables de percevoir les variations entre le jour et la nuit1.

 

Les yeux précaires sont couvert par le pelage
Les taupes vivent sous terre mais ont tout de même des yeux (source)

Il est logique de se demander pourquoi l'évolution n'a pas fait disparaitre de tels appendices qui semblent totalement inutiles pour l'animal.

L'erreur est de croire que tous les éléments de la nature devraient avoir une cause sensée et rationnelle. En réalité, la sélection naturelle favorise uniquement les éléments utiles à la survie ou à la reproduction de l'espèce2.

 

Plus un individu a une bon ration survie/reproduction, plus ses chances de résister à la sélection sont fortes
La valeur sélective (fitness) se fonde uniquement sur le potentiel survie/reproduction

Le fait que la taupe possède ou non des yeux n'est ni un avantage, ni un handicap. La sélection naturelle n'a donc pas prise sur ce genre d'élément.

Le fait que les yeux de la taupe se dégradent progressivement est simplement dû à l'inutilité de les maintenir fonctionnels. Les taupes naissant avec des yeux de moindre qualité sont toujours capables de survivre et de se reproduire, ce qui répand progressivement cette tare au sein de l'espèce.

Il existe de nombreux autres éléments qui peuvent sembler incohérents d'un point de vue évolutif, mais il ne faut pas oublier que la sélection naturelle se soucie de rendre la nature fonctionnelle et non pas sensée, belle ou agréable.